Le Lac Tanganyika est le plus important des lacs dont regorge le Burundi. En effet, c’est le plus profond du monde après le Lac Baïkal (ex- Union Soviétique) et l’un des plus longs, avec ses 650 km du nord au sud. Il appartient au système des rifts valleys qui marque profondément toute la géographie physique de l’Afrique Orientale. Quatre pays se partagent ses eaux : la Tanzanie, la Zambie, la République Démocratique du Congo et le Burundi, et il forme la frontière entre les deux derniers sur environ 160 km. Ses côtes burundaises sont tantôt sablonneuses, avec de belles plages près de Bujumbura notamment, tantôt rocheuses dans le Sud. En dehors de son principal affluent, la Rusizi, le lac s’enrichit des eaux de nombreuses rivières entre la capitale et la frontière tanzanienne au sud (Ntahangwa, Mugere, Ruziba, Dama, Nyengwe, Rwaba, …)

8 lacs de dimensions et de contours très divers sont regroupés dans la partie la plus nordique du Burundi (Bassin du Nil). 4 d’entre eux marquent plus particulièrement la vie régionale par leur taille et les activités humaines qu’elles engendrent.

- le Lac Rwihinda, le plus petit (425 ha), mais c’est le plus célèbre. Très intéressant pour les ornithologues avec une variété d’oiseaux migrateurs.

- Le lac Cohoha, très grand avec une superficie de plus de 60km2

- Le lac Rweru se partage comme Rwihinda entre le Burundi et le Rwanda. C’est le plus grand des lacs du Nord (80 km2, dont 70% du côté burundais)

- Le lac Kanzigiri, situé au sud du précédent (à peine 8 km2)